احتل ملف المتأخرات الضريبية أولوية كبيرة ضمن الملفات الاكثر سخونة المعروضة امام أحمد رفعت رئيس مصلحة الضرائب المصرية.
وبالرغم من الجهود التي تبذلها مصلحة الضرائب لتسوية هذا الملف فإن حجم المتأخرات مازال كبيرا ويقدره البعض بنحو46.6 مليار جنيه.. وذلك بعد ان نجحت هذه الجهود خلال الأعوام الثلاثة الأخيرة في تحصيل أكثر من16 مليار جنيه من المتأخرات الضريبية وتخفيض حجم هذه المتأخرات من62 مليارا و690 مليون جنيه عام2005-2006 إلي46 مليارا و415 مليون جنيه في العام2008 ـ2009.
وحرصت المصلحة خلال تلك الفترة كما يقول أحمد رفعت علي استخدام آليات متعددة لتحصيل المتأخرات الضريبية وإغلاق نسبة كبيرة من الملفات المتراكمة من قانون الضرائب السابق منها تطبيق المادة السادسة من قانون الضرائب الحالي التي سمحت للمتنازعين مع المصلحة بالتصالح مقابل سداد نسبة من المبالغ الضريبية المتنازع عليها إضافة إلي فتح قنوات الحوار مع العديد من القطاعات مثل البنوك بهدف حسم النزاعات الضريبية بالتفاوض. وأوضح أن حجم المتأخرات انخفض في العام الأول بأكثر من3 مليارات جنيه حيث بلغ في عام2006 ـ2007 حوالي59 مليارا و558 مليون جنيه ثم تراجع في العام التالي إلي52 مليارا و884 مليون جنيه ثم انخفض إلي46 مليارا و415 مليون جنيه في العام2008 ـ2009, من جانبه اوضح فرج عبدالسميع رئيس الإدارة المركزية للفحص والتحصيل بالمصلحة ان من بين الاجراءات التي تم اتخاذها أخيرا لتسوية الملفات القديمة وتحصيل المتأخرات, تفعيل اجراءات الاسقاط الضريبي.. مشيرا الي ان هناك تعليمات للمأموريات بشأن الإجراءات الواجب اتخاذها في حالات الإسقاط الضريبي, تنفيذا لنص المادة114 من قانون الضريبة علي الدخل رقم91 لسنة2005, والتي يحق بموجبها لوزير المالية بناء علي عرض رئيس المصلحة إسقاط كل أو بعض الضرائب ومقابل التأخير عنها بصفة نهائية أو مؤقتة في بعض الأحوال.