رصد ائتلاف مراقبون بلا حدود لمؤسسة عالم جديد للتنمية وحقوق الإنسان 19 قضية من القضايا التى يمكن أن تؤثر على سلوك بعض الناخبين الذين يشاركون فى الاستفتاء من أبناء الجنوب، كما تؤثر على رؤية المواطنين من أبناء الشمال لآثار الاستفتاء على حياتهم وحقوقهم المدنية والسياسية والاقتصادية والاجتماعية مستقبلا رغم عدم مشاركتهم بالتصويت فى الاستفتاء.

وكشف الائتلاف، عن أن الحكومة الاتحادية بشمال السودان وحكومة الإدارة الذاتية بجنوب السودان يواجهون قضايا بالغة الحساسية وهى قضية المواطنة والجنسية لأهل الجنوب، وإمكانية وجود فترة انتقالية للجنسية الحالية لأبناء الجنوب والشمال أو ترك حرية الاختيار للمواطنين، ومراعاة اعتبارات التركيبة السودانية بمقوماتها الإسلامية والمسيحية واللادينية، ومقوماتها العربية والإفريقية للمساعدة على الاستقرار الداخلى.

ودعا الائتلاف، الجامعة العربية للقيام بدور مؤثر فى خلق علاقات إيجابية وتعاون بين الدولتين و المساندة فى حل القضايا الخلافية ومواجهة تزايد دور الاتحاد الإفريقى وأوروبا وأمريكا، كاشفاً عن خشية أبناء شمال السودان من استغلال الموارد الغنية لجنوب السودان بعيدا عن التنمية، فى التسليح وتدعيم بعض الحركات الانفصالية بباقى أنحاء السودان وزيادة التواجد الأجنبى خاصة الاسرائيلى بالقرب من نهر النيل والموجود فى الجنوب منذ 27 عاما.

ولفت الائتلاف، إلى وجود مخاوف لدى وكالات غوث اللاجئين ومفوضية شئون المهاجرين بالأمم المتحدة من اتهام حكومة السودان الاتحادية لها بتبنى برنامج للعودة الطوعية يحمل أهداف سياسية وليست إنسانية، وتوقعها بزيادة معدلات العودة للاجئين والمهجرين إلى المناطق الفقيرة بالولايات الجنوبية وعدم وجود تمويل دولى كافى لتقديم الخدمات الإنسانية لهم مما يخشى منه فى حدوث أزمات إنسانية وأعمال عنف فى الجنوب.