رصدت غرفة المراقبة التابعة لمركز ابن خلدون للدراسات الانمائية مع بدء عملية التصويت في يومها الأول،قيام مجهولين بلجنة 49 في أسيوط يخطف الأوراق الخاصة بالانتخابات، بالإضافة إلى مجهولين آخرين قاموا بإشعال النار بسيارتين ملك النقيب حسام عبدالعال من قوة قسم حلوان.
كما تم فتح أبواب اللجان أمام المواطنين في معظم المحافظات وسط تكثيف أمني شديد من قوات الجيش والشرطة، وظهور أفراد تأمين نسائية في لجان السيدات في أغلب المحافظات، مع قيام الأمن بتفريق مسيرة للإخوان قبل أن تبدأ في شارع الهرم.
وأيضًا تم منع مراقبي مركز ابن خلدون من متابعة عملية الانتخابات في قرية غزالة مركز السمبلاوين محافظة الدقهلية لجنة 84 و85 و86 و87، وبمحافظة بور سعيد بمدرسة الزهور، رغم وجود تصاريح وإبلاغهم أن المراقبة مسموحة فقط للمراقبين الدوليين.