أبرز التنظيمات الإرهابية داخل دولة الاحتلال الصهيوني، وهي كالتالي:-
«التنظيم السرى»
عمل منذ عام 1980، وحتى عام 1985، دون أن تتمكن الأجهزة الأمنية الإسرائيلية من كشفه، كان يستهدف رؤساء البلديات الفلسطينية المنتخبين فى الضفة الغربية، فقاموا بزرع عبوات ناسفة فى السيارات الخاصة لرؤساء بلديات مدن نابلس، والبيرة، والخليل، كما خطط التنظيم لتدمير المسجد الأقصى، ووقتها اعترفوا بمخططهم بعد القبض على 3 عناصر منهم، وبالعمليات السابقة التى ارتكبوها.
«الأمن على الطرق»
ظهر أوائل التسعينيات للرد على عمليات المقاومة الفلسطينية، التى تستهدف المستوطنين، فى الضفة الغربية المُحتلة، ومعظمهم يسكن البؤر الاستيطانية داخل مدينة الخليل وفى محيطها.
وفى البداية كان هذا التنظيم علنيًا، حيث كان يعمل بالتنسيق مع الجيش الإسرائيلى على تأمين القوافل، ولكنه بعد ذلك انتقل لتنفيذ عمليات انتقام إرهابية ضد الفلسطينيين، وأسفرت عن مقتل سبعة من الفلسطينيين، وجرح العشرات منهم، فى محيط مدينة الخليل.
«بات عاين»
ظهر عام 2000، وأفراده يسكنون مستوطنة «بات عاين» التى تقع جنوب شرق القدس، ونفذ التنظيم عددًا من العمليات الإرهابية، منها تفجير أحد الفصول الدراسية بمدرسة ابتدائية فلسطينية فى بلدة «صور باهر» جنوب القدس، مما أدى إلى مقتل ثلاث طالبات فلسطينيات، وجرح عدد كبير من المواطنين، وتم إلقاء القبض على معظم أفراده، ومازال موجودا، لكن فى نطاق ضيق