يعتبر مسجد النبي دانيال من اقدم المساجد التي شيدت بمصر ،و جدرانه تحتوي على آثار اسلامية قديمة جدا . ينسب المسجد لاحد العارفين بالله و هو الشيخ محمد بن دانيال الموصلي احد شيوخ المذهب الشافعي ،و كان قدومه الى مدينة الاسكندرية في نهاية القرن الثامن الهجري و اتخذ الاسكندرية مكانا لتدريس اصول الدين و علم الفرائض على نهج الشافعية . ظل بالاسكندرية حتى وفاته عام 810 هجرية فدفن بالمسجد و اصبح ضريحه مزارا للناس و يقع في الشارع المعروف باسمه " النبي دانيال " .

و قد ارتبط هذا الجامع بعدة اساطير منها انه دفن به النبي دانيال ، كما ارتبط ايضا بفكرةالبحث عن قبر الاسكندر الاكبر ،الا ان الابحاث و الحفائر التي تمت بهذا الجامع في اواخر القرن التاسع عشر و اوائل القرن العشرين دحضت هذه الافكار .

و يقول علي باشا مبارك في الخطط التوفيقية " مسجد مشهور بمسجد النبي دانيال كان صغيرا ، فجدده العزيز محمد علي باشا 1238 هجرية و له ليلة كل سنة في شهر رمضان و هو تابع الوقف و بهذا المسجد مدفون فيه المرحوم محمد سعيد باشا و نجله طوسون باشا و غيرهما "

لكن هناك من لا يوافق على راي علي باشا مبارك من ان محمد علي قام بتجديد و توسيع الجامع لان طراز بنائه لا يتفق و طراز الابنية التي يرجع تاريخها الى عصر محمد علي باشا .

و يتكون تخطيط الجامع من مساحة مستطيلة يتقدمها صحن مكشوف او زيادة ، يوجد بالناحية الشمالية الغربية منها دورة المياه و اماكن الوضوء و للجامع واجهة رئيسية واحدة ، هي الواجهة الجنوبية الغربية و يقع بها المدخل الرئيسي للجامع ، حيث يؤدي هذا المدخل الى بيت الصلاة ،و ينقسم الى قسمين القسم الاول و هو مصلى للرجال ، اما القسم الثاني فخصص لصلاة النساء و يقع بالناحية الشمالية الغربية و هو عبارة عن مساحة مستطيلة يوجد بها حاجز من الخشب يفصلها عن مصلي النساء .

اما من هو النبي دانيال فهو احد انبياء بني اسرائيل و قد دفن في بلاد الشام او ايران لا يعرف بالتحديد اين مدفنه لكنه لم يدفن بمصر . اما لماذا يطلق على المسجد مسجد النبي دانيال ، لانه كان يوجد بنفس هذا المكان قبل المسجد معبدا يهوديا يحمل اسم النبي دانيال ،و لذلك يطلق على المسجد هذا الاسم منذ مئات السنين .