قال الأنبا يوحنا قلتا نائب بطريرك الأقباط الكاثوليك في مصر أنه ضد كلمة اضطهاد المسيحيين لأن اضطهاد المسلمين في مصر أكبر من اضطهاد الأقباط, وأضاف - خلال الندوة التي أقيمت بمقر كاتدرائية الأقباط الكاثوليك عن العلاقات الإسلامية المسيحية والقضية الفلسطينية - إن هناك تمييزا بالفعل ضد المسيحيين في الوظائف والأماكن العامة, ولكن هذا التمييز ليس ذنب الشعب المصري ولكنه ذنب التراث الذي تربينا عليه منذ الحروب الصليبية والحرب التي استمرت بين  الشرق والغرب لقرون عدة.

وأكد قلتا أن المسألة بين المسلمين والمسيحيين ليست حربا ولا عنفا ولكنها إيمان واقتناع ومن يلتزم بدينه يحترم أديان الآخرين فالله قبل الأديان وهو مصدرها، مشيرا إلى أن تيار العنف الذي انتشر في مصر منذ مطلع الثمانينات وراح ضحيته كثيرون أمثال الشيخ الذهبي والمفكر فرج فودة بدأ يختفي تدريجيا قائلا: "نحن في طريق التقدم ولكنه تقدم بطئ جدا".
وعن القضية الفلسطينية تحدث الأنبا قائلا: "ينبغي أن تحل القضية الفلسطينية حلا عادلا مشيرا إلى إيمان الأقباط الكاثوليك في مصر بحل الدولتين الذي وافقت عليه الكنيسة الكاثوليكية في روما، مضيفا أن القدس هي مدينة مقدسة للجميع وهي ملتقى كل الأديان كما صرح الأب يوحنا بولس الثاني قبل ذلك و يجب أن تكون عاصمة للدولتين.

موضحا أن وضع الكنيسة المسيحية بوجه عام مع القضية الفلسطينية ينقسم إلى تيارين, الأول: تيار عنيف متشدد يريد أن يفرغ القضية الفلسطينية العربية من مسيحيتها تماماً ويمثله يوسف القرضاوي، و التيار الثاني معتدل ويمثله الأزهر الشريف وهو معتدل من وجهة النظر الإسلامية ونحن نرحب بهذا التيار.
 وردا على القول بتشدد القرضاوي قال الدكتور عبد المعطي بيومي- عضو مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر الشريف - أن القرضاوي ليس متشددا على طول الخط فهو يكون مرة متشددا ومرة معتدلا.
ومن جانبه، أكد بيومي  أن الالتزام على المستوى الإسلام ازداد، ولكنه في الغالب التزام شكلي بالعبادات والشعائر, وليس التزاما بالمنظومة الأخلاقية قائلا: أن الالتزام بالقيم الخلقية ضعف إلى أبعد حد, رغم أن النبي صلى الله عليه وسلم قال " إنما بعثت لأتمم مكارم الأخلاق". 

وأضاف قائلا: أنا مؤمن بالدولة المدنية الليبرالية, فأنا ليبرالي مسلم  وأتحفظ على العلمانية لأنها تتخذ موقفا سيئا في معظمه ومفهومها هو عزل الدين تماما عن الحياة السياسية والاجتماعية وهذا غير مقبول به لأن العلمانية غير ملتزمة بالإطار الديني، مشيرا إلى أن مصر لا هي دولة دينية ولا دولة مدنية، مؤكدا أنه لا توجد دولة دينية في الإسلام والنبي – صلى الله عليه وسلم – هو أول من أسس دولة مدنية في التاريخ.
 وعن القضية الفلسطينية تحدثا بيومي قائلا: الإسرائيليون لا يريدون السلام فنفوذ بنيامين نتنياهو في الولايات المتحدة الأمريكية أكثر من نفوذ باراك أوباما نفسه وقصر القضية الفلسطينية على حركة حماس جاء من تشدد الإسرائيليين.