حدد الجهاز المركزى للتنظيم والإدارة فى دراسة له مشكلات إدارة النظام الصحى فى مصر وتتمثل فى محورين هما مشكلات إدارية وتنظيمية وأخرى مالية واقتصادية.
وصرح الدكتور صفوت النحاس رئيس الجهاز بأنه بالنسبة للمحور الأولي تبين تعدد جهات تقديم الخدمة والرعاية الصحية ووجود خلل جغرافي في توزيع الوحدات الصحية العلاجية والوقائية بين الريف والمدن المصرية وتعدد القوانين والقرارات المنظمة للخدمة والرعاية الصحية. كما تفتقر البيئة الادارية والتنظيمية داخل الوحدات الصحية الحكومية الي وجود رقابة داخلية وخارجية مع سوء معاملة المرضي, وذلك نظرا لحالة التزاحم والأعداد الكبيرة للمرضي المترددين علي هذه الوحدات, ومن أسبابها: تواضع مستويات الأجور والمرتبات للكوادر الطبية داخل هذه الوحدات. وبالنسبة للمشكلة الثانية اي المحور الثاني تبين عدم كفاية الموارد المتاحة لتحقيق نظام صحي كفء وفعال ومتاح للجميع وخلل في توزيع الموارد المتاحة سواء بين الأنشطة العلاجية والأنشطة الوقائية أو بين الخدمات العلاجية بالمدن والحضر وتعاظم أسعار مستلزمات العلاج وزيادة عبء الموارد العامة والموازنة العامة الأمر الذي يتطلب ضرورة تحمل المواطنين عبء العلاج أو جزء كبير منه. وأشار النحاس الي أنه يمكن معالجة هذه المشكلات المالية الاقتصادية في اطار رؤية تبدأ بتحديد حجم العبء الحقيقي لإدارة نظام صحي كفء, وأيضا تحديد مصادر الموارد المطلوبة وكيفية الحصول عليها.
من جانبه أكد الدكتور عبد الرحمن شاهين المتحدث الرسمي لوزارة الصحة أن نظام العلاج علي نفقة الدولة مستمر ولانية علي الاطلاق لإلغائه أو ضغط الانفاق بل علي العكس هناك اتجاه الي زيادة الانفاق والاعتمادات المخصصة له, مشيرا الي أن الوزارة مستمرة في الاجراءات والضوابط التي تم وضعها لصدور قرارات العلاج والتي تستهدف ضمان وصولها الي مستحقيها, ولوقف نزيف الانفاق الذي أدي الي استفحال مديونية الوزارة للمستشفيات.