وبحسب التقارير، كانت أولى القضايا التي تمت مواجهتهما بها من قبل نيابة استئناف القاهرة هي التحريض على قتل المتظاهرين خلال الثورة، وسألت النيابة جمال وعلاء، كلٌ على حدة، عن علاقته بالقرارات التي كان يصدرها والدهما خلال الثورة، بشأن التعامل مع المتظاهرين في الشارع.

وقال جمال إنه كان قريباً جداً من أبيه وقت الأزمة، وأن اجتماعات كانت تدور يومياً حول تلك الأحداث، ونفى إصدار الرئيس السابق أي أوامر بإطلاق الرصاص على المتظاهرين، وعلى العكس - حسبما قال جمال - أكد أن مبارك كان دائماً يطلب من ''الداخلية''، متمثلة في اللواء حبيب العادلي، ضبط النفس وعدم استخدام القوة مع المتظاهرين، وقال جمال إن أباه كان يتلقى تقارير كل 5 دقائق تقريباً عن الأحداث، وأنه تحدث مع أعضاء في القوات المسلحة وطلب منهم النزول إلى الشارع لحماية المواطنين، وأضاف أن أباه كان يجتمع مع زكريا عزمي وآخرين وتناقش معهم حول قرار التنحي، وأنه كان يصر على ترك الحكم إلا أنه كان يخشى تحول البلاد إلى الفوضى.

وتابع جمال في التحقيقات أنه تحدث مع والده وطالبه بالخروج إلى المواطنين والتحدث معهم، وأبلغه بأنه لا يريد أن يحكم مصر طالما الشعب لا يريده، وأضاف في التحقيقات: ''صحيح كنت أنوى ترشح نفسى للانتخابات، لكن كمواطن عادى، وليس لأنى ابن الرئيس، ومن حقي كمواطن أن أترشح والقرار الأخير كان سيكون للشعب''.

وسألته النيابة عن التحريات التي تقول إنه أعطى تعليمات لأحمد عز، أمين التنظيم السابق بالحزب الوطني، ورجل الأعمال المحبوس، إبراهيم كامل، بضرورة تشكيل جماعة من أنصار الحزب الوطني وتجميعهم للخروج في مظاهرات لتأييد الرئيس السابق، كما واجهته النيابة بما جاء في التحريات بشأن طلبه من وزير الداخلية الأسبق حبيب العادلي أن ينهى تلك المظاهرات بأي شكل من الأشكال حتى لو اضطر إلى إطلاق الرصاص عليهم، فرد جمال بقوله: ''إن هذا الكلام ليس له أي أساس من الصحة، ولا يوجد أي دليل عليه''.

كما واجهت النيابة جمال في القضية الثانية، التي تتعلق بالحصول على عمولات جراء إتمام بعض الصفقات، مثل تصدير الغاز لإسرائيل واستغلال نفوذه للدخول كشريك إجباري مع بعض الحاصلين على توكيلات شركات أجنبية، فرد جمال بأن صفقة تصدير الغاز لإسرائيل كانت ضمن اتفاقية ''كامب ديفيد''، وبنودها كانت واضحة، وقال: ''لم أكن موجوداً في مصر وقت توقيعها، كما أن تلك الصفقة يسأل عنها وزير البترول والمسؤولون في تلك الهيئة''.

وأضاف جمال: ''ليس صحيحاً ما يتردد بشأن تدخلي لإقناع والدى بما اقترحه رجل الأعمال الهارب حسين سالم بشأن الإبقاء على السعر المتفق عليه وعدم زيادته مقابل حصول سالم على عمولات من وراء ذلك''،  وأكد جمال أنه لم يجبر أي رجل أعمال على دخوله كشريك في التوكيلات التي حصلوا عليها لشركات أجنبية في مصر، وقال إن رجال الأعمال موجودون، وبعضهم داخل السجن الآن ويمكن سؤالهم عن ذلك.

ومن جانبه، شدد علاء على صحة كل ما قاله جمال في التحقيقات، غير أنه نفى علمه بما كان يدور داخل قصر الرئاسة بشأن التعامل مع المتظاهرين، ونفى استغلال سلطات والده مقابل الحصول على منافع شخصية بالمخالفة للقانون، وقال إنه لا يوجد دليل مادى واحد ضده في كل تلك الوقائع المنسوبة إليه.